Cette catégorie réunit les milieux aquatiques du canton, c’est-à-dire les unités constituées en majeure partie d’eau, pouvant être stagnante et plus ou moins permanente ou courante et à écoulement plus ou moins régulier. Il s’agit d’un ensemble très hétérogène qui regroupe donc sous la même étiquette aussi bien le lac Léman, les grands cours d’eau comme le Rhône ou l’Arve que les rivières (la Versoix, la Laire), les étangs* (étang Hainard, étang du Bois des Douves), les petites mares* (Vaucher), ou les ruisseaux plus modestes (le Chambet, Les Eaux-Chaudes). Bien sûr, c’est le royaume de la faune piscicole. Mais pas seulement! L’observateur attentif y observera des plantes étonnantes, adaptées à une vie immergée. C’est le cas de certains potamots qui croissent tout l’été jusqu’à atteindre la surface pour fleurir et se reproduire. De plus, de nombreux insectes, comme les libellules par exemple, ont besoin d’eau pour réaliser, sous forme larvaire, la première étape de leur cycle de vie. Il faut également relever la présence des amphibiens, qui y trouvent un espace essentiel pour assurer leur cycle de vie, ainsi que celle du castor ou l’emblématique cistude, seule tortue indigène suisse.

La carte cantonale distingue à l’échelle du 1: 5’000e les milieux suivants:

  • les eaux calmes: milieux aquatiques caractérisés par un courant d’eau faible ou inexistant. C’est le cas des lacs, des étangs* et des mares*;
  • les eaux courantes: milieux aquatiques caractérisés par un réel courant, comme le Rhône, les rivières ou les ruisseaux.

Sur le terrain, chacun de ces milieux représente un ensemble très diversifié. En effet, sous le miroir bleu de la surface se cache toute une série d’habitats*, conditionnés par la profondeur, les fluctuations de niveau, le courant et la qualité des eaux (quantité de nutriments, pH). La cartographie proposée actuellement ne permet cependant pas de rendre compte de toute cette diversité. Une campagne de terrain pourrait être envisagée à l’avenir afin d’affiner la connaissance de ces milieux. Il s’agirait alors de mettre la tête sous l’eau, de répertorier tous les groupements végétaux présents, puis d’établir leurs limites respectives. Notons que les végétations des berges (végétations des rives d’eau courante, roselières), ainsi que les végétations temporairement inondées, véritables zones de transition entre les biotopes aquatiques et terrestres, ont été rattachées aux milieux herbacés à des fins de lisibilité cartographique.